Charles Leclerc, de Ferrari, fue segundo en las pantallas de cronometraje, cuatro milésimas más lento que el mejor tiempo del mexicano de 1:11,853 minutos, pero la vuelta del monegasco fue más tarde en la sesión cuando los autos coches más agarre.
El bicampeón del mundo Max Verstappen, compañero de equipo de Pérez, quedó otras cuatro milésimas por detrás de Leclerc.
Red Bull persigue su décima victoria consecutiva este fin de semana, mientras que Verstappen busca una victoria número 15 de la temporada. El equipo y el piloto neerlandés ya han ganado ambos campeonatos.
El penúltimo fin de semana de carrera del año se está ejecutando en formato sprint, con la clasificación este viernes para determinar la parrilla de salida de una carrera de 100 km el sábado que decidirá el orden para el evento principal del domingo.
Verstappen ha ganado las dos carreras al sprint anteriores de la temporada.
Carlos Sainz fue el cuarto más rápido, 0,186 más lento que Pérez, pero el español tendrá una penalización de cinco lugares en la parrilla para el gran premio del domingo después de exceder su asignación de motores de tres al tomar su sexto de la campaña.
El siete veces campeón mundial, el británico Lewis Hamilton, quien esta semana recibió la ciudadanía brasileña honoraria, fue el quinto más rápido para Mercedes, solo una milésima de segundo más lento que Sainz, con su compañero de equipo George Russell sexto.
Hamilton, ganador del año pasado pero que aún no ha triunfado esta temporada, se quejó durante la sesión de una hora de que su coche parecían que estaba "flotando".
El cuatro veces campeón mundial, Sebastian Vettel, que se dirigía al retiro después de la última carrera en Abu Dabi, fue séptimo para Aston Martin y su compatriota alemán Mick Schumacher fue octavo para Haas.
Lando Norris, de McLaren, quien canceló sus compromisos con los medios debido a una sospecha de intoxicación alimentaria el jueves, participó en la sesión y fue el 15° más rápido.
"Parecía estar bien en la sesión y se veía bien después... No esperamos ninguna complicación para el resto del fin de semana", dijo el jefe del equipo, Andreas Seidl.
Por parte de Fernando Alonso, el asturiano quedó en el puesto 11, aunque por delante de su compañero Esteban Ocon, que fue decimotercero.