Pogacar, que sufrió una caída al principio de la etapa y perdió un minuto y 38 segundos en la contrarreloj individual del martes, se quedó a 7:35 del líder de la general y defensor del título, Jonas Vingegaard (26), tras la etapa más dura de la carrera de este año.
Cuando un pelotón reducido abordó la parte empinada de la subida de 28,1 km, Pogacar se abrió la cremallera de su maillot y se descolgó del grupo, poniéndose a rebufo de su compañero del UAE Emirates Marc Soler(29).
"Me he ido, estoy muerto", dijo Pogacar sin aliento por la radio de su equipo mientras Vingegaard, el maillot amarillo, desaparecía en la distancia.
Pogacar, flanqueado por Soler, cruzó la línea de meta a más de cinco minutos de su rival para terminar a 7:35 del danés en la clasificación general cuatro días antes del desfile en los Campos Elíseos.
Pasó unos minutos desplomado en una silla antes de decir: "Llegué al pie de la subida totalmente vacío. He comido mucho pero no me ha llegado a las piernas. Estoy muy decepcionado. Ha sido uno de los peores días sobre una bicicleta de mi vida".
Era el día en el que se esperaba que Pogacar devolviera el golpe tras la humillación sufrida el martes en la contrarreloj en solitario, pero pronto se vio que le costaría dar la talla.
A los pocos kilómetros de la etapa, el esloveno se cayó tras tocar rueda con otro corredor y sufrió un corte en la rodilla izquierda.
"Fue una situación muy desafortunada. Fue en una subida y el que iba delante de mí frenó, cambió de trazada y toqué su rueda", declaró un abatido Pogacar.
Sin embargo, ya mira hacia adelante, con la esperanza de ganar la penúltima etapa del sábado, un recorrido montañoso que favorece a los corredores atacantes.
"Si me recupero de hoy, sí, quiero que mi equipo consiga una victoria de etapa, lo intentaremos con Adam (Yates), con cualquiera del equipo. Si alguien puede ganar, lo intentaremos. Pensé en ello al principio de la subida".
El británico Yates sigue tercero en la general, a 10:45 de la cabeza y con una ventaja de 1:16 sobre el cuarto clasificado, el español Carlos Rodríguez (22).
Pogacar podría haber pagado un precio por sus repetidos ataques al principio de la carrera, y por los dificultosos preparativos tras fracturarse la muñeca en abril.
"Cuando vas siempre al ataque, te haces vulnerable y entonces es más fácil que el otro marque una gran diferencia", dijo Vingegaard.