El bicampeón del mundo, de 42 años, fue quien mejor se adaptó al húmedo trazado del circuito Gilles-Villeneuve (4,361 kilómetros), donde el neerlandés Max Verstappen (Red Bull) se quedó en el decimoctavo puesto después de sufrir problemas técnicos.
Alonso terminó por delante del británico George Russell (Mercedes) y de su compañero de equipo Lance Stroll (Aston Martin) en un entrenamiento que hizo las delicias de los miles de aficionados canadienses que desafiaron la caprichosa meteorología que interrumpió los dos ensayos del día.
El monegasco Charles Leclerc (Ferrari) marcó el cuarto mejor tiempo, por delante del australiano Daniel Ricciardo (Racing Bulls), el danés Kevin Magnussen (Haas) y el británico Lewis Hamilton (Mercedes).
El Top-10 lo completaron el japonés Yuki Tsunoda (Racing Bulls), el tailandés Alex Albon (Williams) y el mexicano Sergio Pérez (Red Bull).
El también español Carlos Sainz Jr (Ferrari) concluyó en el decimotercer puesto después de haber sido segundo en el primer ensayo, que estuvo dominado por el británico Lando Norris (McLaren).
Vertsappen, en problemas
Al inicio de la segunda sesión, Verstappen sufrió un problema con su ERS, el sistema de recuperación de energía, y fue llamado inmediatamente a boxes tras comunicar por radio que podía "sentir un olor a humo".
El neerlandés, vigente campeón y líder actual del Mundial, dio por zanjada su participación en el entrenamiento con sólo cuatro vueltas completadas, finalizando en el antepenúltimo lugar.
Los chubascos se sucedieron a lo largo de la sesión lo que propició errores de poca gravedad de varios pilotos como Leclerc, que logró transformar su trompo en un espectacular derrape.
A primera hora de la tarde, una fuerte tormenta retrasó más de 20 minutos el inicio de la primera sesión de entrenamientos, que después se vio interrumpida durante casi 10 minutos por un accidente en el que se vio implicado el chino Zhou Guanyu (Sauber).
Resultados de los segundos ensayos libres e Canadá:
Fernando Alonso (ESP/Aston Martin-Mercedes) 1:15.810 (25 vueltas)
George Russell (GBR/Mercedes) 1:16.273 (24)
Lance Stroll (CAN/Aston Martin-Mercedes) 1:16.464 (27)
Charles Leclerc (MON/Ferrari) 1:16.556 (24)
Daniel Ricciardo (AUS/Racing Bulls-Red Bull) 1:16.731 (23)
Kevin Magnussen (DEN/Haas-Ferrari) 1:16.773 (15)
Lewis Hamilton (GBR/Mercedes) 1:16.908 (27)
Yuki Tsunoda (JPN/Racing Bulls-Red Bull) 1:16.951 (22)
Alexander Albon (THA/Williams-Mercedes) 1:16.977 (22)
Sergio Pérez (MEX/Red Bull) 1:17.041 (19)
Esteban Ocon (FRA/Alpine-Renault) 1:17.417 (31)
Logan Sargeant (USA/Williams-Mercedes) 1:17.496 (22)
Carlos Sainz Jr (ESP/Ferrari) 1:17.722 (27)
Valtteri Bottas (FIN/Sauber-Ferrari) 1:17.817 (21)
Nico Hülkenberg (GER/Haas-Ferrari) 1:17.903 (20)
Oscar Piastri (AUS/McLaren-Mercedes) 1:19.008 (20)
Zhou Guanyu (CHN/Sauber-Ferrari) 1:19.087 (17)
Max Verstappen (NED/Red Bull) 1:19.311 ( 4)
Pierre Gasly (FRA/Alpine-Renault) 1:20.789 (26)
Lando Norris (GBR/McLaren-Mercedes) 1:20.843 (21)